fopenはC言語の関数。
C言語が仕様を決め、Windowsが従ってる。
そのため（C言語の仕様が古いため）2GBまでのファイルしか扱えない。

CreateFileはWindowsが提供している関数。
Windows以外で使えないけど、代わりに2GBを超えるファイルも扱えるし、Windows特有のファイル属性なども操作できる。