プログラムにおけるデータの扱い方で変えてる
y方向に何度も走査するようなプログラムなら[x][y]のほうがいいし
x方向に何度も走査するようなプログラムなら[y][x]のほうがいいし
どっちも頻度に大差なかったりするなら[x][y]にしてる