>>544,548
まとめ

その状態から重複していない事を担保するにはどんな方法でも最低n-1回のループは必須。
「ユニーク数のカウント」を最高速化したいなら、はじめから重複しないように追加しておくか、
そもそもカウントを配列追加時に行っておくのが正しい。

>>546の方法は、最大値の数だけ別配列を用意してバケツソート的手法でカウントしている。
このタイプの手法が使えるなら、これが概ね最速と考えられる。
だが>>546のコードはちょっと無駄が目立つ。ついでに999を越えても動作するようにしてみた。

Dim Huga() As long
Dim i As Long, Kosuu As Long
Redim Preserve Huga(999) '0〜999決め打ち
OnError GoTo AryErr '用意したHuga()のサイズが足りなかった場合エラーをトラップ
For i = 0 To Ubound(Hoge)
　If Huga(Hoge(i)) Then
　　Kosuu = Kosuu + 1 'カウントアップ
　Else
　　Huga(Hoge(i)) = 1
　End If
next
AryErr: Redim Preserve Huga(Hoge(i)): Resume 0 '999で足りなかった場合に増量して再処理

コーディング的には>>551の言うようにCollectionやDictionaryを活用するほうが手っ取り早い。(OnErrorが嫌ならDic)
数が少ない場合や、値が整数ではない(小数を含むなど)、または値の種類の範囲が大きい(0や999999999を含む)場合では
メモリ確保の時間的コストとメモリの量的コストが大きすぎる結果になり、>>546的手法は適さない。
結局のところ>>550。