仮想マシンとネイティブとの関数呼び出しコストがあるかもしれないけど、
1.4G以降のPC（ネットブックとかも）ならもう測定不能誤差って範囲で、関数呼び出しコストは発生せずってところだと思うよ。

400MHzのPC（パームとかスマートホンレベル）だと仮想マシンにあるライブラリを呼び出すのは、呼び出しコストは少しあるかもしれないけど、
そもそもそんな非力なリソースしかないのに高度な画像処理をすることは向いてない。つまり変色フィルターと３Dとかのゆがみ、アフィン変換程度で十分。

画像処理の方法（アルゴ）を考えるよりも、まずこういうリアルの感覚が大事。