import AAA.ModuleA
import ModuleA

a1 = AAA.ModuleA.ClassA()
assert isinstance(a1, AAA.ModuleA.ClassA)    #OK
assert isinstance(a1, ModuleA.ClassA)        #NG
assert AAA.ModuleA.ClassA is ModuleA.ClassA  #NG

ちなみに

a1 = AAA.ModuleA.ClassA()
a2 = ModuleA.ClassA()
print type(a1)   → <class 'AAA.ModuleA.ClassA'>
print type(a2)   → <class 'ModuleA.ClassA'>