Makefile に
javac -O -classpath ../:.:../Java/ *.java
とあったといいましたが、
このパス表現は正しい書き方なのかどうかだけ教えていただけないでしょうか？

見やすくするため全角で書きますと、
．．/：．：．．/Java
です。
もし「：」にorの意味があるなら
このパスしていで上のディレクトリかカレントディレクトリか
上のディレクトリの中のJavaディレクトリの3つを指定できてるのかなーと思ったのですが。
Java には特別にそういうパスの指定の仕方があるのでしょうか？