自己解決した。
_AEEMod_Loadで本体生成後に以下のコードを挿入したら直った。

for (uint32 cnt = pM->m_nRefs - 1; cnt != 0; --cnt)
{
pM->_pIModule->pvt->AddRef(pM->_pIModule);
}
pM->m_nRefs = 1;