lua_newthreadの直後はC関数のスタックから「参照」されてるし
そのあとLuaで参照したいなら戻り値なりグローバル環境なりに押し込めばいいし
C側だけで管理したいならレジストリ+luaL_refとか使えばいいだろ

何がしたいんだかわかんねーよ