Lua > Python:
PythonはC関数を登録してスクリプトから呼び出すのが結構めんどくさい。
コルーチンに制限がある。同じ関数内でしか yieldできないし、yield で引数や戻り値の指定ができない。
独自のローダーを使った import 実装がとにかく面倒。 lua なら lua_load に自分定義のロード関数わたすだけでOK

Pyhton > Lua:
スタックではなく、C上でLua変数はすべて PyObject として表現されるのでCソースの可読性が高い。
関数も整数も全部 PyObject としてC側の変数に保存する事ができる。
環境が充実。

ゲーム用途で組み込んでいる自分としては、コルーチンの使いやすさと、
自作ローダーでのロードが楽（ゲーム用の圧縮ファイルから直接スクリプトを呼び出す必要がある）
な点でLua圧勝。

もしツールに組み込むんだったらソースの読みやすさ＋ライブラリ充実さで断然 Python
Eclipse + PyDevが使いやすいのも勝ち点。