スクロール
ie.document.parentWindow.scrollTo(0, ie.document.body.scrollHeight)

JavaScript実行
ie.document.parentWindow.eval("alert(123)")
または
ie.document.parentWindow.execScript("alert(456)")

なお、該当ページにもともと一切のスクリプトが含まれていない場合、
ie.document.parentWindow.eval()
は失敗するので注意のこと
(IE8 with Windows7 で確認)