\HKEY_CURRENT_USER\Console
の中に ColorTable00 〜 ColorTable15 っていうのがデフォルト 16 色

個別の設定は標準の cmd.exe なら
\HKEY_CURRENT_USER\Console\%SystemRoot%_system32_cmd.exe

C:\hoge\fuga\hage.exe なら
\HKEY_CURRENT_USER\Console\C:_hoge_fuga_hage.exe

に ColorTableNN を追加