処理を書き込むと逆にFPSが早くなることってあるのでしょうか。

FRAPSっていうFPSを測れるフリーソフトでDirectXのサンプルの
Tutorial 1: CreateDevice てのを少しいじって
（デフォは無効領域が発生した時のみ更新するからFPSが０で、
ループを作ってPeekMessageとDevice->Presentを足した）
FPSを測ったら４０〜５０程度しか出ていません。

DeviceのPresentationIntervalはD3DPRESENT_INTERVAL_DEFAULT
であり、中身は基本的なフレームしかなく描画処理は書かれていません。

家のパソコン環境がおかしいのかと思って他のDirectXを使っているソフトで測ったら
他のソフトは問題なくFPSが６０になるので環境が悪いわけではないと思います。