あああ、pythonでうまくいったというのは勘違いでした。（test caseのミス）
でも
　IO.popen("cat | afio -oZ -")
のように、catコマンドをクッションにしてみたらうまくいきました。

なんでだろうね。
バッファの関係？？
朝起きたらlinux板でも行って聞いてみます。。もう疲れた。