たとえば古いgccはstringsteamの中身に挙動不審なバグがあるので、それが原因かもしれない。
今やってみたらとりあえずgcc 4.1とVC2008はどっちもちゃんと動いた。

#include <iostream>
#include <sstream>

using namespace std;

int main(void)
{
  int t[3];
  char w;
  stringstream ss("1,2,3,,");

  ss >> t[0] >> w >> t[1] >> w >> t[2] >> w >> w;

  cout << t[0] << " " << t[1] << " " << t[2] << endl;

  return 0;
}

出力
1 2 3