前にAxWebBrowser使ってた時に俺もそんなことあったな。Navigateするタイミングだと思うんだけど。
起動時にNavigateするようにした時に稀にあった。
とりあえず、起動時にいきなりNavigate使う時はコンストラクタじゃなくてLoadイベントなり登録してそこでやった方がいいと思う。
それでこの症状が直るわけではないと思うけど。