いろいろ混乱してとりあえず　整理のためにこんな感じなのかなとコードを書いてみます
　
public List<int[][]> List_POS;
int a=0,b=0,c=0;
int line_count = arrText.Count;
List_POS; = new List<int[][]>();
foreach (string sOutput in arrText){
　　　　　string temp = (string)arrText[a]; // string型にキャスト
　　　　　string[] temp2 = temp.Split(',');// splitメソッドで文字列アレイにして数える
　　　　　int col_count = temp2.Length; // 列数を数えているだけ
　　　　　List_POS[a] = new List<int[][]>(col_count/2);//XYで2つ使うため一行を2で割る
　　　　　string[] temp_line = sOutput.Split(',');
　　　　　for(int i=0;i<temp_line.Length;i++){
　　　　　　　　List_POS[a][b]=new List<int[][]>(2);
　　　　　　　　for(int k=0;k<2;k++){
　　　　　　　　　　i = i + k;
　　　　　　　　　　List_POS[a][b][c]=Convert.ToInt32(temp_line[i]);
.....