知られたらやばいぐらいのアルゴリズムなら特許取るんじゃね？
それ以外で難読化が必要なケースが思い浮かばないんだけど

つか.Net以外でも実行ファイルをリリースする時点でアルゴリズムも見ようと思えば見れるし