ファイル数なんてどんなに多めに見積もっても百万のオーダーとかじゃないのかな？
だとしたらベタにやっても抽出する処理そのものには1秒掛からないんじゃないか。
むしろボトルネックは言うまでもないんだろうけどディスクアクセスって気がする。