手元のインタプリタで試したけどそのままで動いてる
(utf-8 => shift_jisのみ修正)

> class kana2roma {
// var $charset='utf-8';
var $charset='shift_jis';
…
> $roma=new kana2roma();
echo $roma->conv('アキハバラあったかまつり');
akihabaraattakamatsuri
null

このクラスは漢字を単純に捨ててるので、認識できない文字の
場合も同様に捨ててるだけ(エラーがでない)の可能性も高い
だとすると文字化けした場合、すべての文字が単純に捨てられてる
だけの可能性がある

なので以下の2点を確認することを勧める
1) 半角英字の文字がそのまま出力されるか
2) 関数 _baseOne() の最後を書き換えて文字を確認する
return NULL;
=>
return $str;

これで漢字などの変換対象でない文字もそのまま出力するはず
これで文字化けなどが起こっているなら文字コード回りを再度見直した
ほうがよいと思う