cvFindContours で線形上のエッジを検出した後、そのエッジの始点〜終端までの
距離(ピクセル数ではない)を求めたいのですが、どのような方法が一般的でしょうか?

例えば斜めの線だと、2点間の距離はピクセル数ではない為、
線を書いてピクセル数を数える方法では対応できませんでした。