むしろGCCを使え。Cygwinをインストールするときにgccを選択すればいい。
Visual C++ 2008 Expressでもいい。
Borland C++ 5.5.1使ってるんだろ？

もう一度聞くけど、bccでコンパイルしてemmintrin.hが無いとかのエラー出てないか？
エラーを確認しろ。「警告」はエラーではない。