解答ありがとうございます
自作なども考えましたが、Xファイルの読み込みやら、スキニングアニメ、アニメーション合成などでD3DXに頼っているためそうもできないのが現状です。

SSE以降はFP-strict準拠になりつつある（なった？）という記事も読んだため、確かに問題が別のところにあるのか？とも考えました。

ずれるのは、Pen4である私の環境と、Athlon 64 X2である友人の環境です。
私の環境では、D3DXがSSE2で動作するのを確認済みです（デバッグプレイ時の出力により）

友人のところでは何で動作しているのかは不明です。
Wikipediaによると、Athlon64X2の拡張命令は
MMX, Extended 3DNow!, SSE, SSE2, SSE3, AMD64, Cool'n'Quiet, NX Bit
だそうです。

任意でSSE2を選択させられれば、同じ結果になるのかと期待しています。

Direct3Dの初期化時には、D3DCREATE_FPU_PRESERVEを指定し、floatの精度が落とされるのを防いでいます。
念のため_controlfpでお互いの精度を確認しましたが、同一でした。