ためしに、MercurialでXAMPP(1万ファイル300MBくらい)を突っ込んでみたんですが、
XAMPPのアップグレード後で更新ファイル数が多いと
TortoiseHgがハングしてしまうｗ
Intel Q6600程度のCPUだと返ってきません

コマンドライン版hgだとサクサクですね。
Tortoiseの方はあまり大きなプロジェクトは考えられてないもんですかね？