そもそも分離したいという目的は？
リポジトリの物理的大きさの問題であれば
いまさらそんな気にすることはないと思うけど・・・

管理面の規模の問題なら、分割するのもありかもね。
JDK7 なんかは分かれてるし。
分割した方が管理コストがさげられるならそうするべきでしょう。