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仕様の問題。
fgetsは改行文字も含めて文字列を生成だから多分

{'a','a',' ',' ',' ','b','b','\n','null'}

こんな感じではいってるっぽ。
んでisspaceの仕様は空白文字でtrue
空白文字は'\n','\r','\t','\v','\f',' 'を指すので、
上の文字列が入力されてるなら' '三文字と'\n'一文字で合計が４。

ということなんだと思うから適当に変えてみればいかがだろうか。
１減らしたり'\n'に0入れるとか。