>>216
Expression Blend 2 で新しいプロジェクトを作るときの種類のことを言っているのなら、

Silverlight サイト は Silverlight 1 用のテンプレート 。
プロジェクトを作成するとテスト表示用の HTML と本体の XAML, JavaScript ファイルが作られる。

Silverlight アプリケーション は Silverlight 2 用のテンプレート。
プロジェクトを作成時すると Visual Studio で開けるソリューションファイルとプロジェクトファイル、
選択した言語（C# か VB）のコードファイルと、それに関連付けられた XAML ファイルが作られる。

同じ Silverlight だけど 1 と 2 でプロジェクトの構成が大きく違う
（使える機能、ビルドが必要か否か）ので別の名前になっているだけ。あんまり深く考える必要はない。