まだ試してないのですが、参考になりそうなリンクを張っておきます。
rake
http://www2s.biglobe.ne.jp/~idesaku/sss/tech/rake/

boost.build
http://www12.ocn.ne.jp/~dante98/bbv2-tutorial.html

javaで使うビルドツールは無知に近いので紹介すら出来ません。すみません。