#include <sys/timeb.h>
だと思うが、Linux使いなので詳しくはしらないが
struct timeb now;
int millisec;

ftime(&now);
millisec = now.millitm; /* これがミリ秒らしい */
こんな感じだと思う。
詳しくは、ググるかヘッダファイル読め。