Gauche自体にデバッグ用の機能が欠けているから仕方がない。
デバッグ機能の強化は1.0以降の目標、と開発者が明言してる。

あと、Emacs辺り使うと簡単に編集と評価の繰り返しができるから、
デバッグ出力の追加とか、関数や式単位の評価とか凄い楽にできるし、
デバッガ無くてもあんまり困らない、ってのもあると思う。