前スレ　>>955
私もつい最近それで困っていた。
今でも原因は不明だけど、（image.getType()がBufferedImage.TYPE_BYTE_GRAYの時に起きる）
RasterにgetPixelすれば正常な色が取得できると思う。

BufferedImage image = ImageIO.read(bmpFile);
Raster raster = image.getData();
int[] color = new int[4];

raster.getPixel(x,y,color);
(byte)color[0];で正常な色。