ウィンドウはOSの環境に依存する
C言語でWindowsAPIを使えばいい
Win32API,ウィンドウメッセージなんかでぐぐるといいが、
長いし（書くときはコピペするかウィザードで生成すればいいが）、少しとっつきにくいかもしれない

VCを使っているのなら、新規プロジェクト作成のウィザードから
Windowsアプリケーションを使うのもいい
どういうものを作りたいかによって選ぶべきと思う