exe ファイルを書換えるプログラムを問答無用でマルウェアとして検出するソフトがあったりする。
実行ファイル形式のパッチはねこそぎマルウェア扱いになったり。
特定の API を使ってるものや、コードセクションを書換える種類のものもかなりの確率で
マルウェア扱いになるよ。