ファイルサイズだけ比較すればいいかもしれないし
変更かけるのが特定のアプリだけならそいつに変更フラグ立てさせてもいい
そういう機能を持ったファイルシステムを使う方法もある
厳密な比較が必要なら、ハッシュは衝突するかもしれないからちゃんとバイト毎で比較をせざるを得ない

用途次第としか言いようがない