皆様ありがとうございます。

>>615氏
ファイル自体はWindowsで作ったものなんで、CRLFになっているはずですね。
改行コードの処理ちゃんとせないかんですねorz

>>616氏
バッファの初期化は確かにやってなかったですねorz
ロジック含めてもう一度見直します。

>>626氏
fgetsはNULLを追加するみたいです。
初期化はやっぱりしてませんでした。その辺の処理きちんとしときます。
while抜ける処理も書いてないですね確かにorz