考えられる原因はkeywordsのなかに空文字が混入してるか
実は本当に全部一致してましたとかか
if (article.Contains(kw));みたいになってるとかかな
Splitはちょっとあれするとすぐ空文字が混入みたなのでStringSplitOptions.RemoveEmptyEntriesを第２引数にするといいみたいです
まあでも教えてもらった↓でいいと思う
string[] keywords = File.ReadAllLines("keyword.txt", Encoding.GetEncoding("Shift_JIS"));
string[] index = File.ReadAllLines("index.txt", Encoding.GetEncoding("Shift_JIS"));