static void Main(string[] args)
{
//keyword.txt読み込み
string lines = File.ReadAllText("keyword.txt", Encoding.GetEncoding("Shift_JIS"));
string[] keywords = lines.Split('\n');
//index.txt
lines = File.ReadAllText("index.txt", Encoding.GetEncoding("Shift_JIS"));
string[] index = lines.Split('\n');

foreach (string article in index)
{
foreach(string kw in keywords)
{
if (article.Contains(kw))
{
Console.WriteLine(article);
}
}
}
}

>ふたつの配列を総当たりで比較する方法
こんな感じになるんじゃ無かろうか？