> 動的にファイルの生成されるデータディレクトリ

そのディレクトリを ignore する。

> 一つだけ固定されたファイルがあるという仕様なのです。

その固定ファイルは、親ディレクトリか隣接ディレクトリに元ファイルを置いて svn で管理する。
チェックアウトやチェックインにて、データディレクトリへコピーする(フックで対応できるかも)