こんな感じのデータ。

3 Li Lithium 453.69 1.18E7 82
4 Be Beryllium 1551 3.69E7 220

問題になってるscanf。
scanf("%*d%*s%*s%*lf%lf%lf\n",&x[n],&y[n])

抑制のところにダミーの変数かましてデータを受け取るとかすれば？