cscript だとcp932のまま問題なく
Unicode文字列の引数受け渡しができますね。
例えば以下をargs.jsと保存して

objArgs = WScript.Arguments;
for (i = 0; i < objArgs.length; i++)
{
WScript.Echo(objArgs(i));
}

コンソール上で

cscript args.js 日本語 ABC O ABC日本語O

を実行するとちゃんとすべてが表示されます。
例によってOはウムラウト付き

単なるcmd.exe側の問題と思っていましたが
そうではないみたい。根は深そうです・・・。