課題かなんかで使っちゃダメって言われてないなら問題ないでしょ

int i,j;
COLORREF savecolor[XSIZE][YSIZE];

for(i = 0; i < XSIZE; i++){
　　for(j = 0; j < YSIZE; j++){
　　　　savecolor[i][j] = GetPixel(i, j);
　　}
}

あとはCSV形式にするだけ