>>113の

>・全部空にして一から再構築
>　→ゴミデータ除去できる
>・dat フォルダの走査と再構築を同期して行う（たぶん build 0031 のような感じ）
>　→インジケータとか、ユーザにわかりやすい
>　→ひたすら INSERT OR REPLACE する関数をでっち上げる
>・再構築中は他の処理による DB アクセス（特に書き込み）を避けたい
>　→少なくとも、従来の更新用スレッドは止めるとか

を実装してみたバージョンです。適当に再構築してみてください。
あらかじめ db フォルダ内の dat.db をバックアップしておくことを強く推奨します。

http://o2on.sourceforge.jp/upfile/o2up0005.zip