>>366
難しく考えることないでしょ。
入力ファイルオープン
全部を一旦エリアAに読み込み（この段階で長さも判明）
入力ファイルクローズ

同じ長さのエリアBをもう１つ確保、エリアA->エリアBへ判定転送処理を行う。

出力ファイルオープン
完成したエリアBを書き込み
出力ファイルクローズ