今んとこ、RubyGemsを目指して整備中って事で、
最終的にSetup.hsはなくなるかオプショナルになってcabalコマンドに統一されるんじゃない？
http://page.freett.com/shelarcy/log/2007/diary_03.html#when_we_can_use_caball-install
http://hackage.haskell.org/trac/hackage/wiki/RubyGems

現時点でのそれら重複してるコマンドの詳細は判らないけど、installについては、
cabal install monadius
monadius
で遊べるってのは、Setup.hsでは無理だろう。