そういう意味だったか
CWinAppExってレジストリアクセスを提供するってくらいだから容易にはずせないじゃないかな
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/bb983877.aspx

CWinAppExはCWinAppの子供だからCWinAppからCMyAppを継承させるようにしてみたらどうかな
ソースはある(afxwinappex.cpp)わけだから足りない分は移植すればいいわけだし