>>650
i が 0 から 3 をとりながら動き、
そのループのなかで j が 0 から 3 をとりながら動くんですよね。
すると, i = j ならば, num[i] == num[j] となって、system("pause") がかならず
実行されることになります。

なさりたいことは、こんなのでしょうか？
(確認環境 WindowsXP, 処理系 cygwin(gcc 3.4.4)
http://kansai2channeler.hp.infoseek.co.jp/cgi-bin/joyful/img/6239.txt