>>632 さんの場合と同じ症状か分からないが
俺の場合
・新規プロジェクト作成
・ControlBox:False
・ShowIcon:False
・FormBorderStyle:FixedSingle
・Size:300, 300
・すべて保存(Ctrl+Shift+S)
で再現
再度フォームサイズを書き直して保存しても
プロジェクトを開き直すとサイズが変わっている

もっと大幅にサイズが変わる時もあるが、そちらは再現できなかった
プロジェクトをUPする訳にはいかないので、ご勘弁

あと634の訂正
○：諦めて、ロード時にサイズ指定してる
×：仕様として諦めて、ロード時にサイズ指定してる