特定のテーブルにロードすれば出来るのでは？
squirrelってsqstd_dofileとかでファイル読み込む直前でルートテーブルをプッシュしてるけど、
それをルートテーブルではなく、任意のテーブルを指定する
そうするとその任意のテーブルにデータが読み込まれる

ただし、使うときはtable.func();みたいな使い方をしなければならなくなる…のかな？
他にもデリゲートテーブルを使う方法もあるけど、これはファイルごとと言うわけにはいかないかな

というかLuaってrequire/moduleで機能ごとに分けて管理できるんだ…
そっち知らなかった…