コードを少しずつ改変して行くに当たって、
それぞれにバージョンを付けて残しておこうと思ったら、
プロジェクトごとコピーして残しておけばいいんですか？
もっといい方法があるんですか？

Eclipseを使っています。コードを書くのは自分一人です。