FedoraとWindowsでソースレベルで100%互換のアプリケーションを
作ろうとしているのですが、現実的ではないでしょうか？
またどの辺に気をつけて開発した方が良いでしょうか？

内容は不特定多数のPCとsocket通信でバイナリデータをやりとりし、
内部でPostgreSQLにアクセスする、いわゆるサーバアプリケーションです。

開発はほぼ全面的にWindows側(VisualC++.net2003)で行い、
1日2度程、Fedoraでも動作テストをする予定です。