vectorで確保していたのですが
num[2][3]のような空の値をちゃんと空としてくれなかったので
使う関数の関係で空のところを指定しないと破綻してしまうのです
これまでは

ファイル一時読み込み
値の最大値分を確保
ファイルポインタを先頭へ
確保した領域に順次代入

という手順を踏んでいたのですが
これだと行数が莫大になったときに、読み込みだけで時間がひどく掛かってしまい。